Chemistry and Biochemistry
(obiettivi)
Scopo del Corso Integrato di Chimica e Biochimica (Chimica generale ed Inorganica, Propedeutica Biochimica e Biochimica), è quello di fornire agli studenti le conoscenze fondamentali relative alla struttura dei costituenti fondamentali della materia (atomi, elementi) ed alla struttura delle macromolecole necessarie al funzionamento e regolazione degli organismi viventi e dei loro processi di trasformazione. Mettere lo studente in condizione di comprendere le basi della chimica organica ed inorganica e del metabolismo cellulare. Il Corso Integrato intende inoltre fornire allo studente le conoscenze fondamentali relative ai concetti di base della chimica, relative alla struttura delle macromolecole alla base dei processi metabolici necessari al funzionamento e regolazione degli organismi viventi: carboidrati, lipidi, acidi nucleici e proteine. Mettere lo studente in condizione di comprendere le basi del metabolismo cellulare. Il corso si propone di fornire allo studente alcune metodiche essenziali utilizzate nella pratica chimica e biochimica ed i principi teorici su cui si basano tali metodologie ed il loro campo di applicazione.
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Codice
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90689 |
Lingua
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ENG |
Tipo di attestato
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Attestato di profitto |
Crediti
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10
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Settore scientifico disciplinare
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BIO/10
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Ore Aula
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100
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Attività formativa
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Attività formative di base
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Canale Unico
Docente
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Lazzarino Giacomo
(programma)
PROPEDEUTICA BIOCHIMICA: Ibridizzazione dell'atomo di carbonio - Ibridizzazioni sp3, sp2, sp e loro geometria. Idrocarburi ed Idrocarburi saturi - alcani e cicloalcani. Nomenclatura. Isomeria conformazionale e isomeria geometrica (cis-trans). Idrocarburi insaturi - alcheni ed alchini. Nomenclatura. Reazioni degli idrocarburi insaturi (cenni). Composti aromatici - Struttura del benzene - il modello della risonanza. Nomenclatura dei composti aromatici. Idrocarburi aromatici policiclici (cenni). Alcoli, Fenoli, Tioli - Nomenclatura. Acidità e basicità degli alcoli e dei fenoli. I tioli, analoghi degli alcoli e dei fenoli. Aldeidi e Chetoni - Nomenclatura. Preparazioni di aldeidi e chetoni. Il gruppo carbonilico. L'addizione nucleofila ai gruppi carbonilici; formazione di semiacetali ed acetali. La condensazione aldolica (cenni). Acidi Carbossilici e loro derivati - Nomenclatura degli acidi. I derivati degli acidi carbossilici: gli esteri, le ammidi. Meccanismo della esterificazione; triesteri del glicerolo. Ammine e altri composti azotati - Classificazione delle ammine e nomenclatura. Basicità delle ammine. Stereoisomeria - La chiralità. Enantiomeri. Luce polarizzata; il polarimetro (cenni). Diastereomeri.
BIOCHIMICA Carboidrati - Definizioni e classificazione. I monosaccaridi. Chiralità nei monosaccaridi; le proiezioni di Fischer. Strutture cicliche dei monosaccaridi. Anomeri. Fenomeno della mutarotazione. Strutture piranosiche e furanosiche. Lipidi - Struttura, nomenclatura, proprietà e funzioni biologiche. Basi azotate e nucleotidi - Struttura, nomenclatura e funzioni biologiche Proteine - Amminoacidi e loro proprietà. - Legame peptidico. Struttura primaria. Amminoacidi non proteici. Struttura secondaria: alfa elica, foglietto beta, loops e beta turn. Struttura terziaria e quaternaria: legami idrogeno ed effetto idrofobico. Misfolding e patologie correlate. Struttura generica delle proteine fibrose e globulari. Tecniche per l’analisi e la purificazione delle proteine. Cinetica enzimatica - Stato stazionario. L’equazione di Michaelis-Menten. Significato della Km. L’efficienza catalitica: significato di kcat/Km. Grafico dei doppi reciproci. Classificazione degli enzimi. Gli inibitori: inibizione competitiva e non competitiva. Meccanismi e grafici dei doppi reciproci. Gli inibitori: inibizione a-competitiva (non competitiva pura) e mista (non competitiva). Inibitori irreversibili e inibitori suicidi. Il trasporto e l’immagazzinamento dell’ossigeno. La mioglobina - struttura e funzione. L’emoglobina - struttura e funzione. L’effetto Bohr; l’effetto del 2,3 BPG; il trasporto di CO2 e NO. Introduzione alla teoria dell’interazione proteina-ligando: caso di 1 solo sito. Caso di n siti completamente cooperativi. Caso generale. Modello concertato e sequenziale. Effetti delle mutazioni puntiformi. Lipidi di membrana. Colesterolo. Lipidi-segnale e cofattori: eicosanoidi ormoni steroidei, vitamine liposolubili. Architettura delle membrane biologiche: composizione delle membrane, proprietà comuni delle membrane, il foglietto a doppio strato, tipi di proteine nelle membrane biologiche. Dinamica delle membrane biologiche. Trasporto attraverso le membrane biologiche: diffusione semplice e trasporto passivo, trasportatore del glucosio, scambiatore cloruro-bicarbonato, trasporto attivo, simporti sodio-glucosio, acquaporine. Vitamine - introduzione storica. Vitamine liposolubili struttura, funzione, avitaminosi, ipervitaminosi. Vitamine idrosolubili struttura, funzione avitaminosi. Bioenergetica - l’energia libera nelle reazioni biochimiche. Energia libera standard ed energia libera della Keq. Esempi. Glicolisi. Via dei pentosi fosfato. Il controllo coordinato del metabolismo del glucosio. Fermentazione lattica e fermentazione alcolica. Il metabolismo anaerobico e la carie. Il ciclo di Krebs. Metabolismo del glicogeno e sua regolazione. Le malattie da accumulo di glicogeno. Digestione fisiologica dei grassi. Le lipoproteine: struttura e funzione di chilomicroni, VLDL, LDL e HDL. La mobilitazione dei grassi indotta dal glucagone: ruoli della triacilglicerolo lipasi e della perilipina. Attivazione degli acidi grassi e trasporto attraverso la membrana mitocondriale. Carnitina. Beta-ossidazione degli acidi grassi saturi, pari. Esempi. Chetogenesi. Beta-ossidazione degli acidi grassi insaturi e dispari. Digestione delle proteine - ruolo del pH e degli enzimi digestivi. Ciclo alanina-glucosio. Transamminazione, deamminazione ossidativa, deamminazione non ossidativa. Glutammina-sintetasi: ruolo e sua regolazione. Ciclo dell’urea. Cenni sul catabolismo degli amminoacidi ramificati e malattia dell’urina a “sciroppo d’acero”. Catabolismo della glicina e della serina. Cenni sul catabolismo delle basi azotate - l’eccesso di acido urico e la gotta. Il metabolismo dell’EME - introduzione alla biosintesi (la via della glicina, la sintesi del δ-amminolevulinato e la formazione del porfobilinogeno). Le porfirie. Cenni sul catabolismo dell’EME e sua degradazione a biliverdina e bilirubina. Accoppiamento chemiosmotico - Principi generali; la variazione di energia libera associata al flusso di elettroni e di protoni; ATP-sintasi come trasduttore energetico. Trasportatori di elettroni: nucleotidi nicotinammidici e flavinici; ubichinone; citocromi; proteine ferro-zolfo; complessi I, II, III, IV; ciclo Q; respirasoma. ATP-sintasi (struttura e catalisi; ATP-sintasi come motore molecolare). Inibitori e disaccoppianti della catena respiratoria.
(testi)
• Chemistry 10th edition, Kenneth W. Whitten/Raymond E. Davis/Larry Peck/George G. Stanley. • Foundations of College Chemistry, 14 Edition, Hein M, Arena S. John Wiley and Sons Inc. • Lehninger Principles of Biochemistry, Nelson D. Cox Michael M.
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Date di inizio e termine delle attività didattiche
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Dal al |
Modalità di erogazione
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Tradizionale
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Modalità di frequenza
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Obbligatoria
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Metodi di valutazione
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Prova scritta
Prova orale
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Docente
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Di Venere Almerinda
(programma)
CHIMICA GENERALE E INORGANICA: Cenni introduttivi - Tabella periodica degli elementi e suo significato: Nomenclatura inorganica: acidi, basi, sali. Bilanciamento di una reazione chimica. Concetto di mole, numero di Avogadro. Costituzione dell’atomo - Particelle elementari: protone, neutrone, elettrone. Isotopi. Elettroni e configurazione elettronica degli atomi. Numeri quantici ed orbitali. Auf-bau. Il legame chimico: covalente, ionico, dativo. Ibridizzazione. Legami deboli: ione-dipolo, Van der Waals, legame idrogeno. Elettronegatività. Stati di aggregazione della materia - Gas: equazione di stato dei gas ideali. Temperatura assoluta e relazione con la velocità molecolare media. Miscele gassose; legge di Dalton. Liquidi: tensione di vapore di un liquido. Solidi: caratteristiche strutturali dei solidi covalenti, ionici, molecolari. Solidi metallici (cenni). Termodinamica chimica - Concetto di funzione di stato. Energia interna di un sistema. Entalpia, legge di Hess. Entropia. Energia libera. Soluzioni - Concentrazione delle soluzioni: % in peso, frazione molare, molarità, molalità, normalità. Diluizioni e mescolamenti di soluzioni. Tensione di vapore di una soluzione liquido-liquido (legge di Raoult). Soluzioni ideali. Proprietà colligative: variazione della tensione di vapore, della temperatura di fusione e di ebollizione; osmosi e pressione osmotica. Solubilità dei gas nei liquidi: la legge di Henry. L’equilibrio chimico - Equilibri in fase gassosa. Espressione della costante di equilibrio. Relazione tra Kc e Kp. Fattori che influenzano l’equilibrio. Equilibri omogenei ed eterogenei. Soluzioni di elettroliti - Elettroliti forti e deboli; grado di dissociazione. Proprietà colligative di soluzioni di elettroliti; binomio di Van’t Hoff. Acidi e basi secondo Arrenius, Bronsted e Lowry, Lewis. Acidi e basi forti e deboli. Dissociazione ionica dell’acqua. Kw. Costante d’equilibrio di un acido e di una base. Relazione tra la costante d’equilibrio e il grado di dissociazione di un elettrolita debole: legge di diluizione di Oswald. Il pH; calcolo del pH in soluzioni di acidi (e basi) forti e deboli. Idrolisi salina. Soluzioni tampone. Dissociazione degli acidi poliprotici (cenni). Titolazioni acido-base. Cinetica chimica - Introduzione alla cinetica; teoria del complesso attivato; energia di attivazione. Equazioni cinetiche Reazioni di ossido-riduzione e potenziali elettrochimici - Numero di ossidazione. Reazioni di ossido-riduzione e loro bilanciamento. Potenziali standard di riduzione.
BIOCHIMICA: Carboidrati - Definizioni e classificazione. I monosaccaridi. Chiralità nei monosaccaridi; le proiezioni di Fischer. Strutture cicliche dei monosaccaridi. Anomeri. Fenomeno della mutarotazione. Strutture piranosiche e furanosiche. Lipidi - Struttura, nomenclatura, proprietà e funzioni biologiche. Basi azotate e nucleotidi - Struttura, nomenclatura e funzioni biologiche Proteine - Amminoacidi e loro proprietà. - Legame peptidico. Struttura primaria. Amminoacidi non proteici. Struttura secondaria: alfa elica, foglietto beta, loops e beta turn. Struttura terziaria e quaternaria: legami idrogeno ed effetto idrofobico. Misfolding e patologie correlate. Struttura generica delle proteine fibrose e globulari. Tecniche per l’analisi e la purificazione delle proteine. Cinetica enzimatica - Stato stazionario. L’equazione di Michaelis-Menten. Significato della Km. L’efficienza catalitica: significato di kcat/Km. Grafico dei doppi reciproci. Classificazione degli enzimi. Gli inibitori: inibizione competitiva e non competitiva. Meccanismi e grafici dei doppi reciproci. Gli inibitori: inibizione a-competitiva (non competitiva pura) e mista (non competitiva). Inibitori irreversibili e inibitori suicidi. Il trasporto e l’immagazzinamento dell’ossigeno. La mioglobina - struttura e funzione. L’emoglobina - struttura e funzione. L’effetto Bohr; l’effetto del 2,3 BPG; il trasporto di CO2 e NO. Introduzione alla teoria dell’interazione proteina-ligando: caso di 1 solo sito. Caso di n siti completamente cooperativi. Caso generale. Modello concertato e sequenziale. Effetti delle mutazioni puntiformi. Lipidi di membrana. Colesterolo. Lipidi-segnale e cofattori: eicosanoidi ormoni steroidei, vitamine liposolubili. Architettura delle membrane biologiche: composizione delle membrane, proprietà comuni delle membrane, il foglietto a doppio strato, tipi di proteine nelle membrane biologiche. Dinamica delle membrane biologiche. Trasporto attraverso le membrane biologiche: diffusione semplice e trasporto passivo, trasportatore del glucosio, scambiatore cloruro-bicarbonato, trasporto attivo, simporti sodio-glucosio, acquaporine. Vitamine - introduzione storica. Vitamine liposolubili struttura, funzione, avitaminosi, ipervitaminosi. Vitamine idrosolubili struttura, funzione avitaminosi. Bioenergetica - l’energia libera nelle reazioni biochimiche. Energia libera standard ed energia libera della Keq. Esempi. Glicolisi. Via dei pentosi fosfato. Il controllo coordinato del metabolismo del glucosio. Fermentazione lattica e fermentazione alcolica. Il metabolismo anaerobico e la carie. Il ciclo di Krebs. Metabolismo del glicogeno e sua regolazione. Le malattie da accumulo di glicogeno. Digestione fisiologica dei grassi. Le lipoproteine: struttura e funzione di chilomicroni, VLDL, LDL e HDL. La mobilitazione dei grassi indotta dal glucagone: ruoli della triacilglicerolo lipasi e della perilipina. Attivazione degli acidi grassi e trasporto attraverso la membrana mitocondriale. Carnitina. Beta-ossidazione degli acidi grassi saturi, pari. Esempi. Chetogenesi. Beta-ossidazione degli acidi grassi insaturi e dispari. Digestione delle proteine - ruolo del pH e degli enzimi digestivi. Ciclo alanina-glucosio. Transamminazione, deamminazione ossidativa, deamminazione non ossidativa. Glutammina-sintetasi: ruolo e sua regolazione. Ciclo dell’urea. Cenni sul catabolismo degli amminoacidi ramificati e malattia dell’urina a “sciroppo d’acero”. Catabolismo della glicina e della serina. Cenni sul catabolismo delle basi azotate - l’eccesso di acido urico e la gotta. Il metabolismo dell’EME - introduzione alla biosintesi (la via della glicina, la sintesi del δ-amminolevulinato e la formazione del porfobilinogeno). Le porfirie. Cenni sul catabolismo dell’EME e sua degradazione a biliverdina e bilirubina. Accoppiamento chemiosmotico - Principi generali; la variazione di energia libera associata al flusso di elettroni e di protoni; ATP-sintasi come trasduttore energetico. Trasportatori di elettroni: nucleotidi nicotinammidici e flavinici; ubichinone; citocromi; proteine ferro-zolfo; complessi I, II, III, IV; ciclo Q; respirasoma. ATP-sintasi (struttura e catalisi; ATP-sintasi come motore molecolare). Inibitori e disaccoppianti della catena respiratoria.
(testi)
• Chemistry 10th edition, Kenneth W. Whitten/Raymond E. Davis/Larry Peck/George G. Stanley. • Foundations of College Chemistry, 14 Edition, Hein M, Arena S. John Wiley and Sons Inc. • Lehninger Principles of Biochemistry, Nelson D. Cox Michael M.
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Date di inizio e termine delle attività didattiche
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Modalità di erogazione
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Modalità di frequenza
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